Die Massenspektrometrie ist eine Analysemethode, die es erlaubt, die Molekulargewichte chemischer Verbindungen, die in einer Flüssigkeit gelöst oder in einem Gas enthalten sind, präzise zu bestimmen. Die Genauigkeit ist dabei so groß, dass praktisch alle Moleküle voneinander unterschieden werden können, sofern ihre Massen geringfügig voneinander abweichen. Bei dem Verfahren wird die zu untersuchende Substanz mit einer elektrischen Ladung versehen. Das Massenspektrometer misst letztlich das Verhältnis von Masse zu Ladung eines Moleküls.
Für die Atemanalysen benutzen die Wissenschaftler ein Massenspektrometer, bei dem der Atem über die so genannte Elektrospray-Ionisierung mit Ladung versehen wird. Dabei wird eine Flüssigkeit unter dem Einfluss eines starken elektrischen Feldes versprüht, sodass ein Nebel feinster geladener Tröpfchen entsteht. Dieser „ionisierte Nebel“ vermag auch in die so genannte Ionisationskammer gebrachte neutrale Proben, wie in diesem Fall den Atem, elektrisch aufzuladen.
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